Daihatsu Xenia 1.000cc merupakan pilihan yang ditawarkan oleh PT Astra Daihatsu Motor (ADM) sebagai alternatif lain selain varian dengan mesin 1.300 cc. Namun, varian Daihatsu Xenia 1.000cc ini hanya tersedia pada generasi pertama Xenia, setelahnya varian tersebut dihilangkan oleh ADM. Xenia pertama kali diperkenalkan pada tahun 2003 di Jakarta saat acara Gaikindo Auto Expo. Setahun setelahnya, Daihatsu Xenia telah terjual hingga 100 ribu unit mobil, sehingga bersama dengan Toyota Avanza, kedua mobil ini dijuluki sebagai Mobil Sejuta Umat. Pada generasi pertamanya, Daihatsu menawarkan Xenia dalam tiga tipe, yaitu Mi, Li, dan Xi. Tipe Mi dan Li menggunakan mesin 1.0 liter, sementara tipe Xi menggunakan mesin 1.3 liter, dan semua varian ini dilengkapi dengan transmisi manual 5 percepatan. Daihatsu juga menyediakan berbagai aksesoris tambahan Daihatsu Genuine Accessories (DGA) untuk tiap tipe utama, seperti paket Plus, Deluxe, Family, dan Sporty.
Pada tahun 2009, Xenia generasi pertama mengalami facelift pertamanya dan Daihatsu meluncurkan Xenia dengan transmisi otomatis 4 percepatan untuk pertama kalinya. Facelift berikutnya terjadi pada tahun 2008 dan 2009 dengan perubahan pada bagian eksterior dan interior. Daihatsu Xenia generasi pertama dengan mesin 1.000cc merupakan varian paling terjangkau yang hadir dalam dua tipe, yaitu Li dan Mi. Xenia Mi adalah varian paling dasar tanpa fitur unggulan yang ditujukan untuk segmen fleet sebagai mobil operasional perusahaan yang membutuhkan kendaraan bandel, murah perawatannya, hemat bahan bakar, dan cukup nyaman untuk transportasi harian maupun luar kota.
Harga bekas Daihatsu Xenia 1.000cc generasi pertama saat ini sekitar mulai dari Rp70 jutaan tergantung kondisinya. Meskipun memiliki beberapa kelebihan, ada juga beberapa kekurangan Daihatsu Xenia 1.000cc yang perlu diperhatikan. Salah satu kekurangannya adalah getaran mesin yang terasa di dalam kabin, karena mesin 3 silinder memiliki getaran yang cukup keras. Selain itu, Xenia 1.000cc masih menggunakan timming belt yang perlu diganti sesuai jadwal untuk menghindari kerusakan yang dapat memengaruhi komponen mesin lainnya.
Daihatsu Xenia 1.000 cc hanya tersedia dengan transmisi manual, tanpa opsi transmisi otomatis. Fitur-fitur pada Xenia 1.000cc juga cukup minim, seperti tidak dilengkapi power window di semua jendela, door trim sederhana, dan minimnya laci penyimpanan barang dan cup holder. Meskipun memiliki kelebihan dalam harga yang terjangkau, Xenia 1.000cc memiliki kekurangan dalam performa mesin, kekurangan fitur modern, serta kenyamanan interior yang kurang memuaskan.