Tricolor kemudian berhasil mengalahkan Bangkok United dengan skor agregat 3-2 pada babak 16 besar. Kemudian, pada babak perempat final, Yokohama F. Marinos berhasil mengalahkan Shandong Taishan dengan skor agregat 3-1.
Dua kemenangan tersebut membawa Marinos lolos ke semifinal Liga Champions Asia musim ini, di mana mereka akan berhadapan dengan Ulsan HD. Namun, pada pertandingan leg pertama di Ulsan Munsu Football Stadium, Ulsan, pada tanggal 17 April 2024, Yokohama F. Marinos harus menerima kekalahan dengan skor 0-1.