Seperti puasa pada umumnya, waktu niat puasa Senin-Kamis adalah pada malam hari, yaitu sejak terbenamnya matahari sampai terbit fajar. Berikut adalah lafal niatnya:
a). Puasa Senin
نَوَيْتُ صَوْمَ يَوْمِ الِثْنَيْنِ لِلّٰهِ تَعَالَى
Nawaitu shauma yaumil itsnaini lillâhi ta‘âlâ.
Artinya: “Aku berniat puasa sunah hari Senin karena Allah ta‘âlâ.”
b). Puasa Kamis
نَوَيْتُ صَوْمَ يَوْمِ الخَمِيْسِ لِلّٰهِ تَعَالَى
Nawaitu shauma yaumil khamîsi lillâhi ta‘âlâ.
Artinya, “Aku berniat puasa sunah hari Kamis karena Allah ta‘âlâ.”
Namun, karena puasa Senin-Kamis merupakan puasa sunnah maka bagi orang yang lupa niat pada malam hari, boleh niat siang harinya, yaitu dari pagi hari sampai sebelum waktu zuhur, selagi ia belum melakukan hal-hal yang dapat membatalkan puasa.