Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan ke universitas top di Amerika, meskipun ia memiliki prestasi tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh instansi intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Terutama, pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.